Σύμφωνα με αρκετούς μελετητές η Φολέγανδρος πήρε το όνομά της από το Φολέγανδρο, γιο του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα. Η Φολέγανδρος υπήρξε και καταφύγιο όσων έφευγαν κυνηγημένοι από την Κρήτη. Υπάρχει βέβαια άλλη μία εκδοχή για την ονομασία του νησιού. Σύμφωνα με αυτή την εκδοχή η ονομασία του νησιού είναι αποτέλεσμα των διελεύσεων των Φοινίκων από αυτό ή είναι παραφθορά της φοινικής λέξης ‘phelekgundari’ που σημαίνει πέτρινη γη και αποδίδει ακριβώς τη μορφολογία του νησιού.

Η ιστορία της Φολεγάνδρου αναφέρει, ότι οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού φαίνεται να ήταν οι Κάρες, από τη Μικρά Ασία. Τους Κάρες ακολούθησαν οι Κρήτες με αρχηγό το Φολέγανδρο. Μετά από τους Κρήτες ακολούθησαν οι Δωριείς. Αυτό αποδεικνύεται από τις επιγραφές που έχουν βρεθεί.

Από το 1900 έως το 1970 η Φολέγανδρος απετέλεσε τόπος εξορίας πολιτικών κρατουμένων. Οι πολιτικοί κρατούμενοι παρακολουθούνταν από ένα μεγάλο αριθμό χωροφυλάκων. Οι εξόριστοι έπρεπε να παρουσιάζονται καθημερινά στη χωροφυλακή που τους παρακολουθούσε στους περιπάτους τους και ιδιαίτερα όταν κολυμπούσαν. Οι εξόριστοι καταπιάνονταν με χειρονακτικές εργασίες και αποκτούσαν άριστες σχέσεις με τους κατοίκους του νησιού. Συχνά έφτιαχναν πολύ ωραία έργα τέχνης, επιδόθηκαν ιδιαίτερα στην ξυλογλυπτική και συχνά συμμετείχαν στα γλέντια, τις γιορτές και τα πανηγύρια του νησιού.