Παναγία
Παναγία Αν πάρετε το ανηφορικό φιδωτό μονοπάτι που ξεκινάει από την πλατεία της Πούντας, θα φτάσετε στην εκκλησία της Παναγίας, όπου μπορείτε να θαυμάσετε την εικόνα, που αποτελεί έμβλημα του νησιού και οι ντόπιοι την θεωρούν ως θαυματουργή. Ο σημερινός ναός είναι των αρχών του 19ου αιώνα, αλλά υπήρχε στην ίδια θέση παλαιότερος, όπως δηλώνει επιγραφή στα δεξιά της εισόδου.

Πιθανόν εδώ υπήρχε αρχαίος ναός του Απόλλωνα και της Αρτέμιδος. Στον αυλόγυρο υπάρχει βάση ρωμαϊκού αγάλματος και στο καμπαναριό κορμός μαρμάρινου αγάλματος επίσης ρωμαϊκής εποχής. Και η αγία τράπεζα στο ιερό στηρίζεται επίσης σε βάση αγάλματος.

Η ασημοστόλιστη εικόνα της Παναγίας (Οδηγήτρια), στο τέμπλο, η οποία κατά την παράδοση είναι θαυματουργή, έχει συνδεθεί με πολλές ιστορίες πειρατικών επιδρομών. Το έθιμο της περιφοράς της εικόνας από σπίτι σε σπίτι σε όλο το νησί (τις ημέρες του Πάσχα) συνδέεται με τη σωτήρια επέμβαση της Παναγίας από τις επιδρομές.

Μια από τις παραδόσεις αναφέρει ότι την Πρωτομαγιά του 1790 εμφανίστηκαν κάτω από την Πούντα 18 φούσκες (πειρατικά πλοιάρια) με Αλγερινούς πειρατές. Οι κάτοικοι έτρεξαν ψηλά στην εκκλησία της Παναγίας για να τους προστατέψει. Αφού προσευχήθηκαν πήραν την εικόνα της Παναγίας και την μετέφεραν στην άκρη του γκρεμού ζητώντας να τους σώσει. Τότε σηκώθηκε ξαφνικά δυνατός βοριάς που παρέσυρε τα πειρατικά πλοία και τα κατέστρεψε, με αποτέλεσμα να πνιγούν όλοι εκτός από έναν χριστιανό αιχμάλωτο που είχαν οι πειρατές μαζί τους. Αυτός κατάφερε να κολυμπήσει μέχρι τη στεριά. Όταν βγήκε έξω είπε στους κατοίκους πως λίγο πριν βουλιάξουν τα καράβια είδε μια μεγάλη αστραπή να κατεβαίνει ψηλά από τον βράχο και να χτυπάει τα πλοία. Το γεγονός θεωρήθηκε ως θαύμα από τη Παναγία και γι’ αυτό η Πρωτομαγιά αποτελεί μεγάλη γιορτή για τη Φολέγανδρο.

Σταυρός: Μετά την πλατεία της Πούντας και κατηφορίζοντας για το κέντρο της Χώρας, συναντάτε την εκκλησία του Σταυρού, μια καμαροσκέπαστη με τρούλο.

Θεοσκέπαστη & Αγία Αικατερίνη-Άγιος Φανούριος: Είναι οι δύο εκκλησίες που θα δείτε στην πλατεία της Πιάτσας που βρίσκονται τα δύο εστιατόρια «Κρητικός» και «Σικ».

Άγιος Νικόλαος: Είναι η ενοριακή εκκλησία της Χώρας και ειτουργεί κάθε Κυριακή. Ανήμερα της γιορτής της (6/12) γίνεται μεγάλος εορτασμός με περιφορά της εικόνας του αγίου στο χωριό και πολλά κεράσματα.

Άγιος Αντώνιος: Είναι δίπλα στην Αγία Αικατερίνη με την όψη της προς τη διπλανή  πλατεία, αυτή των εστιατορίων «Μέλισσα» και «Πιάτσα».

Παντάνασσα Βρίσκεται στην δυτική άκρη του Κάστρου. Έχει αξιόλογο ξυλόγλυπτο τέμπλο και εικόνες του 18ου αιώνα.

Ζωοδόχος Πηγή (Χρυσοπηγή): Bρίσκεται αρκετά πιο μακριά από το τέρμα της Άνω Μεριάς, αλλά μπορείτε να πάτε με το αυτοκίνητό σας. Λίγο μετά την στροφή για τον δρόμο που οδηγεί στην παραλία του Αγίου Γεωργίου, βλέπετε στα δεξιά σας την εκκλησία, απέναντι σχεδόν από το παλιό παρατηρητήριο (το έχτισαν οι Ιταλοί στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο) και με μοναδική θέα κυρίως την ώρα του ηλιοβασιλέματος!

Άγιος Γεώργιος: Είναι η ενοριακή εκκλησία της Άνω Μεριάς, λειτουργεί κάθε Κυριακή και είναι κτίσμα των αρχών του 20ου αιώνα.

Άγιος Παντελεήμονας: Μετά το τέρμα του λεωφορείου στην Άνω Μεριά και παίρνοντας το μονοπάτι για το Αμπέλι θα συναντήσετε την εκκλησία του Αγίου Παντελεήμονα. Αν βρεθείτε την ώρα της δύσης θα απολαύσετε ένα υπέροχο δειλινό.

Άγιος Ανδρέας: Βρίσκεται δίπλα από το εστιατόριο «Η Συνάντηση» κι από το σημείο που ξεκινάει το μονοπάτι για την παραλία του Αγίου Γεωργίου.